在公元2199年，宇宙太阳系外的战舰加米拉斯帝国为了拯救即将毁灭的家园，展开了对地球和其他星球的大和大规模侵略。面对这场突如其来的宇宙战争，地球军尽管英勇抵抗，战舰却未能抵挡住加米拉斯的大和强大攻势。为了应对敌人的宇宙游星炸弹带来的放射性威胁，地球防卫军在伊斯坎达尔星球的战舰帮助下，获得了先进的大和波动引擎和波动炮技术，并得知该星球拥有清除放射能的宇宙“宇宙清洗器D”。然而，战舰与欧洲、大和美洲等地失去联系后，宇宙地球防卫军不得不自行改造位于海底的战舰大和号，将其升级为一艘能够穿梭星际的大和战舰。肩负着寻找“宇宙清洗器D”的重任，大和号及其全体船员踏上了充满未知与危险的旅程，在这场关乎人类命运的史诗之战中，他们将如何面对挑战，又是怎样克服重重困难？