《南粤刑侦档案》的刑侦故事发生在清江市。该片以一起特殊的档案街头命案展开：一名体内藏毒的女子在追捕小混混的过程中因毒品包装破裂而当街暴毙。与此同时，刑侦另一起绑架案也随之而来，档案文化局长因土地招标问题得罪了某贸易公司的刑侦老板，被其手下绑架。档案警方迅速介入，刑侦将两案并案调查。档案在深入探查绑架案件时，刑侦侦查人员意外发现绑匪藏匿的档案地点竟然是一个制毒基地，犯罪分子背后竟隐藏着一个更为庞大的刑侦毒品网络。经过一系列精心布置和艰苦追踪，档案清江市刑侦支队联合特警与犯罪分子展开了一场激烈的刑侦枪战。最终，档案在警方的刑侦严密布控下，以某银行行长为首的犯罪团伙全部落网，幕后黑手也浮出水面。这起双案的成功告破，不仅洗刷了文化局长的冤屈，也为城市带来了安全和安宁。影片通过紧张刺激的情节展现了一线警察的英勇与智慧，令人感叹正义终将战胜邪恶。